'Die Kinder vom Mühltal' erzählt die Abenteuer von den sechs Kindern Stanni, Bärbel, Anja, Martha, Jacek und Wacek, die im Mühlental, einem kleinen, idyllischen Dorf in Polen, leben. Eine Schmiede gibt es dort und eine alte, noch intakte Wassermühle, auf der sich Storch Jacki häuslich eingerichtet hat. Wildschweine, Bienen und Hirsche sind dort zu Hause, Pferde, Hühner und Hamster, die beiden Hunde Scharik und Sultan; Konrad, der Habicht, und Klementinchen, die schlaue Gans. Erzählt werden die Geschichten von Storch Jacki, der in der 1. Episode im Frühling zurück ins Mühlental kommt und dort von allen Bewohnern bereits sehnsüchtig erwartet wird. Nach seiner Ankunft beschließt Jacki, ein Jahr lang die Kinder zu beobachten und das, was er erlebt, an die Zuschauer weiterzugeben. Als in der letzten Folge der Winter wieder kommt, beschließt Jacki, dieses Jahr nicht in den Süden zu fliegen, sondern Weihnachten im Mühlental zu verbringen.